Tykktarmen begynner etter blindtarmen ved utløpet av tynntarmen og består av fire deler. Den første oppadstigende delen er plassert på høyre side av bukhulen som så går over i en tverrgående del som igjen dreier skarpt nedover på venstre side i en nedadstigende del. Endetarmen er tykktarmens siste del som ender i anus. Hele tykktarmen er ca 1,5 m hos et voksent menneske og har langsgående og tversgående muskellag som brukes til å skyve tarminnholdet framover ved hjelp av kontraksjoner.

Den største delen av immunapparatet og de hormonproduserende cellene i kroppen finnes i tarmen. Et omfattende nervesystem er tilknyttet tarmen der den sentrale vagusnerven går direkte fra tarmen til hjernen. Dette betegnes som tarm-hjerne aksen som sender beskjeder begge veier.

Tykktarmen har på mange måter vært et glemt organ. Vi har lenge trodd at tykktarmens viktigste funksjoner var å ta opp salter og vann fra tarminnholdet og å fungere som et lager for oppsamling av avføring, før fjerning via endetarmen. Nå viser det seg at tykktarmen har en rekke andre viktige oppgaver.   

Lactobacillus bakterier

Vår tarmflora eller mikroflora har stor betydning for helsen vår. Vi lever i en symbiose eller samliv med ca 100 billioner mikroskopiske samarbeidspartnere som er fordelt på inntil 1000 forskjellige arter av mikroorganismer. Tilsammen utgjør disse beboerne mer enn ett kilo celler. Bakteriene i fordøyelsessytemet vårt utgjør 10 ganger flere organismer enn vi har celler i kroppen vår og det samlede genmaterialet til bakteriene vi bærer med oss er 150 ganger større enn vårt eget. 

Når vi blir født er vi nesten sterile, men raskt får vi overført bakterier fra mors endetarm, skjede og det nærmeste miljøet. Vi blir kolonisert av bakterier som danner unike kombinasjoner av forskjellige bakteriearter i de ulike delene av kroppen. Brystmelk inneholder ikke bare næring til spebarnet, men også spesielle komplekse karbohydrater kalt prebiotika. Disse spesielle karbohydratene er der for å stimulere de godartede bakteriene i spebarnets tarm. 

Bakteriene lever på overflaten av kroppen og finnes på huden, i mage-tarm, i munnen og til og med på overflaten i lungene. I tykktarmen finner vi den største konsentrasjonen av bakterier. Her gjør bakteriene viktige oppgaver som har stor betydning for helsen vår. De utgjør et glemt organ, men heller enn å være en definert masse utgjør de en hærskare av myldrende celler.  

Dyreforsøk har vist at vår mikroflora er spesiell for mennsket og forskjellig fra den du finner hos andre dyrearter. Denne mikrofloraen har utviklet seg sammen med mennesket og kan sees på som vår evolusjonspartner. Hvis vi regner på antall celler så består mennesket av 90% bakterieceller. Miljøfaktorer og endrete livsstilsvaner ser nå ut til å påvirke vår mikroflora negativt. Vi er avhengig av en godartet bakterieflora og et tilstrekkelig mangfold av bakterier i tarmen for å utvikle og vedlikeholde en god immunitet. Tapet av gode bakterier i vår mikroflora kan være en viktig årsk til den økningen vi nå ser av autoimmune sykdommer.

    

Godartede bakterier produserer kortkjedete fettsyrer i tykktarmen

Ikke fordøyelige karbohydrater med prebiotisk effekt vil favorisere en sakkarolytisk (karbohydrat basert) fermentering eller gjæring som resulterer i en øket produksjon av kortkjedete fettsyrer (KKFA) som gir helseeffekter lokalt i tykktarmen og ellers i kroppen.
Inulin og oligofruktose er selektivt nedbrutt av godartede bakterier i tykktarmen. Omtrent 40% er omdannet til biomasse (øket antall av intestinale bakterier), 10% er omdannet til gass (H2, CO2 og CH4) og 50% er omdannet til kortkjedete fettsyrer.