Et dårlig kosthold bestående av mye ferdigmat som innholder for meget fett, "raske karbohydrater", konserveringsmidler og andre tilsetningsstoffer vil være med på å redusere mangfoldet av bakterier i tarmen. En ukritisk bruk av antibiotika og bakteriedrepende stoffer vil også være med på å redusere mangfoldet av vår bakterieflora og sette oss i en tilstand av Dysbiose. Dysbiose er en tilstand hvor vi ikke lenger har en overvekt av godartede bakterier i tarmen og dette kan være en medvirkende årsak til flere forskjellige sykdommer. Ondartede bakterier i tarmen produserer giftstoffer som enten setter igang autoimmune reaksjoner i tarmens overflatevev eller som lekker gjennom tarmens barriere og inn i blodomløpet. I blodomløpet kan disse giftstoffene forårsake lavgradige kroniske betennelsestilstander i forskjellige organer i kroppen. 
Løsningen ligger ikke i å utrydde eller fjerne bakteriene vi har i tarmen, men å gjenopprette eller forskyve tarmfloraen mot en mer godartet flora. Dette kan gjøres ved å øke det naturlige inntaket av Prebiotika fra grønnsaker og frukt og ved inntak av kosttilskudd med Prebiotika. 

Vi er i en tidlig fase, når det gjelder å forstå hvilken innvirkning mikrofloraen i tarmene våre har på den generelle helsetilstanden. Det er begynt å komme indikasjoner på at mikrofloraen kan være involvert i en rekke sykdomstilstander, både i fordøyelsessystemet og i andre organer i kroppen. Her vil vi si litt om dette, men det er viktig å understreke at studier og oppdagelser er basert på dyreforsøk og humanforsøk er ofte basert på et begrenset antall forsøkspersoner.    

Fedme og diabetes 2 øker dramatisk i hele den vestlige verden. Miljøfaktorer som et stillesittende liv, et for stort inntak av kalorier, en overvekt på fettrike matvarer og genetisk predisponering er viktige faktorer som øker risikoen for å få diabetes 2. Fedme og en øket insulin resistens i kroppens celler er typiske kjennetegn og risikofaktoerer i utviklingen av diabetes 2. 
Fedme og diabetes 2 er karakterisert av en lavgradig betennelsestilstand med utskillelse av autoimmune signalsubstanser som påvirker insulinproduksjonen fra bukspyttkjertelen negativt. 
Nylig er det vist at en fettholdig diett, lavt inntak av kostfiber og mangel på mosjon bidrar til å utvikle denne lavgradige betennelsestilstanden. Og motsatt vil en diett med   flerumettet fett, høyt inntak av kostfiber og fysisk mosjon bidra til å redusere mengden av betennelsesøkende signalsubstanser.
Dyreforsøk har vist at prebiotika vil styrke den intestinale barrieren og dermed redusere sjansen for at giftstoffer fra bakterier kan komme inn i blodbanen. Dette tror man kan være årsaken til den reduksjonen av autoimmune signalstoffer som sees etter inntak av prebiotika.   

Hos mer enn 40% av befolkningen opptrer det allergiske reaksjoner en eller flere ganger i livet. For 10-20% av oss er disse allergiplagene alvorlige. Allergiforekomsten har økt de siste tiårne og det er mye som tyder på at endring av kosthold og et usunt inneklima kan være viktige årsaker. Det er økende bevis for at redusert mikrobiell stimulering (hygienehypotesen) og endring i sammensetningen av bakteriefloraen vi omgir oss med kan ha en viktig betydning.
Hygienehypotesen peker på den moderne renheten vi lever i som en årsak til oppblomstringen av allergiske sykdommer. Denne renheten gjør at vi ikke blir eksponert nok for bakterier som igjen fører til at oppbygningen av immunsystemet vårt ikke blir så god som den burde være.
Universitetet i Lindkøping har nylig publisert en studie der en øket forekomst av atopisk eksem og allergiske reaksjoner til visse matvarer kunne spores tilbake til et redusert mangfold av bakterier i avføringen hos en måned gamle barn.
I en lignende studie med over 400 barn ved universitet i Kjøbenhavn ble det vist en direkte sammenheng mellom antallet av forskjellige bakterier i avføringen i de første måneder i barnets liv og risiko for å utvikle allergisk sykdom ved skolestart. Et redusert mangfold av bakterier gav en øket risiko for allergiske sykdommer, mens en stor variasjon av mange forskjellige bakterier reduserte risikoen for allergiske reaksjoner.     

Det er økende bevis for at det er en sammenheng mellom maten du spiser og sjansen for å få tykktarmskreft. Vanskeligere er det å finne eksakt hvilke matvarer som utsetter deg for en øket risiko. I "2007 World Cancer Research Fund" rapport ble det konkludert med at det var epidemiologisk bevis for en sammenheng mellom overvekt/fedme, prosesserte kjøttprodukter, alkohol og en øket risiko for tykktarmskreft. Fiber, hvitløk, melk og kalsium var assosiert med en redusert risiko. 
Bevis fra en lang rekke kilder støtter oppfattningen om at mikrofloraen i tykktarmen er involvert i dannelsen av kreft og at bakteriell metabolisme av ikke-absorberte rester av mat og endogene utsondringer er opphavet til dannelsen av giftige og kreftdannende substanser. Det er dokumentert at mikrofloraen i tykktarmen kan gi opphav til en lang rekke mutagene og kanserogene stoffer som inkluderer nitrosaminer, gallesyrer, ammoniakk, fenoler og cresol. Dette åpner opp muligheten for å påvirke mikrofloraen gjennom kosten slik at denne i mindre grad produserer kreftfremkallende stoffer. 
Her er det mulighet for at prebiotika kan påvirke mikrofloraen slik at antallet eller mengden med bifidus og laktobacillus bakterier øker. Bifidus og laktobacillus bakterier er ikke involvert i produksjon av kreftfremkallende stoffer og i dyreforsøk er det vist celleregulerende effekt som motvirker kreftdannelse. Det er produksjonen av kortkjedete fettsyrer og særlig butansyre (smørsyre) fra de godartede melkesyrebakteriene som gir denne gunstige effekten. En øket produksjon av kortkjedete fettsyrer fører til en reduksjon av pH i tykktarmen, noe som reduserer løseligheten på kreftfremkallende stoffer. Dette reduserer opptak og giftighet av disse skadelige substansene.
Det er generelt anbefalt å redusere inntaket av kjøtt og spesielt rødt kjøtt og prosesserte kjøttprodukter. Nedbrytning av proteiner fra kjøttrelaterte produkter i tykktarmen fører til såkalt forråtnelse og til produksjon av giftige substanser som ammoniakk og aminer.
Flere forskjellige mekanismer er årsak til den godartede effekten etter inntak av prebiotika:

• Prebiotika øker bulkvolumet i tykktarmen og tynner dermed ut den skadelige effekten av kreftfremkallende stoffer i tykktarmen.
• Prebiotika øker mengden med prebiotiske eller godartede bakterier i tykktarmen som fører til en reduksjon av sykdomsfremkallende bakterier som igjen reduserer produksjonen av skadelige enzymer.
• Prebiotika øker produksjonen av kortkjedete fettsyrer som fører til en øket surhetsgrad i tykktarmen. Dette reduserer dannelsen av kreftfremkallende stoffer i tykktarmen.
• De prebiotiske bakteriene øker produksjonen av butyrat eller smørsyre som har en celleregulerende effekt og som reduserer risikoen for kreftdannelse.
• En øket fermentering av prebiotika i den siste delen av tykktarmen reduserer nedbrytningen av protein og annelsen av kreftfremkallende stoffer i denne delen av tarmen.